在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

论述没想到

1、从光敏训练人体细胞中获取DNA化学交联核营养物质

为了能让分开光热塑血清质-DNA软型物使用LC-MS定量浅析，做者联合开发一种退行纯化计划书，可从DNA中去否则热塑血清质，仅在阳光照射时经由单独什么是基因组接触性生物富集DNA热塑血清质。用TRIZOL导出着色质并祛除落网获的非热塑血清，之后将其如何溶解完以来RNase吸收。经由超音波、剪切得出血清质热塑DNA的导出物，在硫氰酸胍中蒸煮退行，并在二空气氧化硅离心力柱上急剧洗涤剂以去否则热塑血清质终会到位。经由核酸酶外理从DNA中施放光热塑血清，并来胰血清酶吸收使用LC-MS定量浅析。该的方法创建为血清质热塑DNA导出或XDNAX。

图1.血清质交连DNA提现或XDNAX流量图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可可以碰触DNA的淀粉酶质图谱

将光化学交联工艺使用于MCF7癌癌细胞，显示了1,805种得票数球核蛋清，表中1,191种有着于3个或较多次反复中。60%的DNA上下级用途组暗含核酸联系的GO注解，在存在核酸联系注解的球核蛋清质含量中，最大的的成就出自于核纤层球核蛋清，之后是参与的染色的质阻止和癌癌细胞瓦解的球核蛋清质含量（图2）。

图2 . 可立即交往 DNA 的营养物质质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结报告了DNA之间的功效组所潜在的淀粉酶质-DNA程序界面和其带有的核苷酸热塑肽。这分为是因为（1）球状DNA紧密联系结构设计域、（2）DNA 紧密联系起居不规律区（IDR）和（3）是因为与一些淀粉酶质（比如说组淀粉酶紧密联系淀粉酶）、RNA（比如说剪接细胞因子）或相分开区室（比如说核仁淀粉酶）之间的功效而会导致的区域近乎。

图3 . 可之间使用 DNA的构成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、降钙素原检测内部扰动一年后与DNA紧密联系的转录成分

雌刺性肾上腺素血清酶激酶α（ESR1）驻在胞质溶胶中，陪你到碰到其配体，驱散易位到受损上皮受损细胞，在这里它与染色体组中的指定的领域组合以激话指定的的转录步骤。将血清饥饿的MCF7受损上皮受损细胞曝露于高用量雌刺性肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）44分钟左右，与仿真模拟治理的比受损上皮受损细胞相比他们的DNA上下级影响组（图4A）。这其中，雌刺性肾上腺素促使后DNA上下级影响组中的ESR1新增了30倍（图4B）。总的而言，在1,814个一定量的血清酶质-DNA上下级影响中，约有9%表现出少于2倍的不错影响，并洞察分析到与ESR1具有着上下级影响的血清酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌生长激素净化处理甲状腺癌体细胞 DNA 完美用组的化学发光法有点（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

的的学习入驻遗传染色剂体组的球氨基酸以要了解它是怎样被载入并付诸实践性的，一直以来是科技职工一两个经常的要求。遗传染色剂体组可及性主要是以DNA为中央的度角实行的的学习，同时，到近年结束，染色剂质疑胶中的些什么球氨基酸与DNA 出现物理学双方做用尚不模糊。适用零路程光化学交联，可出现DNA双方做用组中的很往往球氨基酸，XDNAX方法将成为球氨基酸-DNA双方做用的的学习的变强工貝。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的球营养素组学、修饰语组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

可以参考毕业论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.