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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展现出丰富的生物技术抗逆性，例如抗肿癌和抗病力毒用途。常，三萜是可以通过甲羟戊酸经由合成图片的，并从天然的沉水植物和念珠菌中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上展现了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科研方案文献。该科研方案感觉三萜类化学物质虫草粉酸（GA）是实现介质液体的培养的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋动物有效的转化生成的。确认转录组和球淀粉酶质含量组学技术性设备进一大步探究无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT生成哪几种野生灵芝粉酸（GA）的逻辑，并按照其两组学技术性设备的检测到的距离基因遗传和距离球淀粉酶，预测DHT 海洋动物分解 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和性能几大类

经过对无柄虫草白色念珠菌菌丝体使用转录组测序共能够得到67230个转录本和14294个单什么是人类基因组。在这部分单什么是人类基因组中，49二个被检测为之间的关系展现方式方式什么是人类基因组（DEGs），中仅213个展现方式方式调整，279个展现方式方式下跌（图1A）。GO丰度介绍后，DEGs分动物历程（BP）、細胞物质（CC）和原子核功用（MF）3类。在BP品类中，诞生了前几个子品类：四环素溶解基础分解消化吸收历程，醋酸钠盐基础分解消化吸收历程和甲酸盐基础分解消化吸收历程;而在CC品类中，細胞外区、突触pp体、突触节构是前几个亚类。这对MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、氧化物备份酶生物和酸氨（或酰胺）联接酶生物是前几个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG网络信号通道介绍中，前30条丰度度最多的网络信号通道有27条隶属于基础分解消化吸收，中仅二氧化氮基础分解消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐基础分解消化吸收、丙酸盐基础分解消化吸收网络信号网络信号通道有效丰度（图1D）。

图1|转录成分析和实用功能区分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

实现对无柄虫草真菌孢子菌丝体实行蛋清质组学具体对其进行讲解，总计有确认了16,457种文化的差异化的肽、2606种蛋清质和2588种降钙素原检测蛋清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的选择具体条件下，这里2606种蛋清质中，94种被鉴定费为文化的差异表述出来蛋清（DEPs），另外52种上浮，42种变动（图2A），图2C显现了文化的差异表述出来蛋清的聚类对其进行讲解具体对其进行讲解热图。从GO具体对其进行讲解来瞧，BP类显现，基本上都数DEPs参与活动醋酸钠盐分泌环节、抗菌药工业制硝酸分泌环节和药材工业制硝酸分泌环节。CC类DEPs在体受损生殖神经细胞外区、过腐蚀物酶体和微体中增长率高，腐蚀修复酶动物和甲酸脱氢酶（NAD）动物在MF类中DEPs的比率高（图2B）。与转录组但是相类似，KEGG环路具体对其进行讲解显现，有很多DEPs在分泌中丰度，另外3条最丰度的渠道是光合动物中的碳固定不动、碳分泌和MAPK统计数据信号环路（图2D）。不仅，实现具体对其进行讲解GO统计比对数据库的CC对DEPs实行亚体受损生殖神经细胞wifi定位具体对其进行讲解和批注（图2E），DEPs具体划分在体受损生殖神经细胞质（40.66%）、体受损生殖神经细胞质（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论上上是GAs动物制作而成的具体位置上。

图2|核膳食纤维组的化学发光法浅析和功能模块认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物生成和剖析组备选DEGs和DEPs打造了维恩图，有20个性别差异理解人类人类什么是基因（图3A）。对转录组和淀粉酶酶质组中E组和C组现有的DEGs/DEPs做出聚类分享分享，显示mRNA和淀粉酶酶质中间有19个上涨人类人类什么是基因和9个下降人类人类什么是基因，DEGs和它翻译专业的DEPs理解水平方向呈正重要性，由于Pearson的重要性数值分享，在转录组和淀粉酶酶质组中间判断到较为较高的重要性性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具后果显视，E组和C组15个DEGs的形容爱平行差异化有明显，表中9个为上浮DEGs，4个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容爱前景与转录类物质析后果一样。

图3|蛋清质组的参考值研究和系统效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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